北京市畜牧总站联合中国农业大学、北京六马养猪科技有限公司、北京养猪育种中心和北京顺鑫农业股份有限公司小店畜良种场等单位，积极实施北京市重大科技项目“基于基因组选择平台的种猪繁育体系建立与应用”。项目自2015年启动以来，项目进展顺利，取得了丰硕成果，引领着北京种猪产业向高代次高端发展，强化北京市“种业之都”的地位，推动种业之都建设，以品种辐射全国，扩大北京农科城科技创新对全国的辐射带动作用。
一是猪基因组选择平台建设进展顺利。优化DNA提取、质检、杂交和扫描等检测程序，建立一套高效的高密度SNP芯片检测技术体系；完成“全基因组SNP芯片检测编辑程序”。完成逆回归育种值计算方法比较、多性状基因组育种值估计、全基因组关联分析与基因组选择整合策略、中低密度SNP芯片到测序数据填充策略等相关理论和方法研究，编写“基于一步法策略的基因组育种值估计软件”和“基于自动化需求的全基因组选择数据准备软件”；制定了基因组选择参考群体构建标准，并按此标准采集完成2725头个体的血样，完成DNA的提取工作；并收集整理相关系谱和生产性能测定和繁殖成绩；完成2445个样本的高密度SNP芯片检测工作。
二是专门化品系选育持续推进。引进加拿大种猪828头。充分利用现有种猪资源和培育的专门化品系，组建15个专门化品系，核心群规模3651头。采用开放与闭锁相结合的选育模式，以大规模性能测定为基础，结合常规和分子育种技术，采用BLUP模型，进行持续选育。各品系生产水平有了较大提高。
三是最优杂交组合筛选进展顺利。按照高繁殖力、大体型和节粮型的杂交组合筛选方案，开展13个二元杂交组合试验，配种522窝，产仔449窝，F1代测定2096头；开展7个三元杂交组合配种293窝，产仔240窝，F2测定585头。
四是示范基地建设快速推进，种猪供种能力大幅提升。3个种猪企业在北京、河北、四川、海南、陕西、江苏、安徽、山西、辽宁、山东、黑龙江、河南等12个省市区，建设示范基地39个，基础母猪达3.08万头；祖代种猪供种能力由10万头增加到11.11万头，父母代种猪供种能力达13.73万头。
五是学术成果丰硕。发表论文10篇，申报专利1项，获得软件着作权1项。
