一、转型期
中国经济发展目前正处于转型期，去库存、去产能、调结构、科技创新、可持续发展是重点，畜禽养殖业也随之不可避免地进入转型期。
在决定畜禽养殖转型的因素里环境保护起主导作用，改革开放近 40 年，忽略环境保护的经济发展模式使得环境污染已成为严重阻碍可持续发展的重要因素，到了不得不治理的关键时刻，环境保护成为社会呼声和中央决策。
畜禽养殖污染是造成环境污染的重要组成之一，畜禽养殖进入环保高压期。《畜禽规范养殖污染防治条例》、《水污染防治行动计划》、《土壤污染防治行动计划》、《畜禽养殖禁养区》、《关于建立病死畜禽无害化处理机制的意见》、 大气污染防治法》等一系列和畜禽养殖有关的环保法相继出台。国家要求根据环境容量调整区域养殖布局，优化区域布局，推进规模养殖。从大气、水、土壤等方面全方位进行污染治理，要求减少排污量，有害污染物要无害化处理，粪、尿等可用物质进行资源化利用，大型规模化养殖企业要配置环保设施，违法企业被罚款整改、停产拆迁。
二、食品安全的压力
另一方面，食品安全压力增大，随着广大人民群众对食品安全关注度大大上升，国家高度重视食品安全，成立了中央统一协调管理的管理机构。2015 年10 月1 日制定了相关法规《食品安全法》，2016 年8 月25 日，国家卫生计生委联合国家发改委、农业部、教育部等 14 部门联合制定了《遏制细菌耐药国家行动计划》，目的是加强抗菌药物管理，遏制细菌耐药，维护人民群众健康，促进经济社会协调发展。
传统个体养殖方式很难做到从生产到餐桌的追溯，从养殖到屠宰链条长、环节多，以药物残留为代表的化学性风险和以人畜共患病为代表的生物性风险并存，难防范、难管理。食品安全的核心问题是实施动物健康养殖，要改变落后的饲养方式，加强养殖场所卫生管理，改善养殖环境、加强饲养管理，才能更好维持动物健康状态。
规模养殖是畜牧业现代化的重要组织形式和实现途径，集中承载着先进的生产技术和经营管理理念。集约化、规模化、产业化有利于管理和监督，提升食品安全水平。
耐药菌的产生和危害有关人类健康，和抗生素的滥用有直接关系，畜禽生产中少用、禁用抗生素，开展无抗生产已成国际问题。药残和有害重金属污染的控制更加严厉。要深入实施兽药残留监控计划，严格实施兽药安全使用规定及休药期制度，提高残留检测覆盖面，强化阳性样品追溯，提高养殖安全用药水平。饲料添加剂、可用药种严格规定。严禁不合格动物产品上市销售，不断提升食品安全水平。
三、动物福利的压力
中国动物福利标准即将出台，该标准的出台将有力推动中国养殖业、屠宰业的动物福利水平提升。畜禽生产中提倡动物福利是国际共识，动物福利要和国际接轨，动物福利事关国际贸易和食品生产对畜禽养殖健康生产的要求。动物福利不仅涉及动物疾病，还关联到人类健康，扩大畜禽生产对疾病防控的要求，增加了对人类有危害疾病的防控。动物福利有助于动物的健康生长，有助于提高动物产品质量的提升，动物福利对养殖生产的要求关联到饲养方式改变和设施设备的升级更新，规模化、标准化的生产经营方式是必然之路。
四、转型带来的改变
饲养方式的改变是最重要的根本性改变，现代化、集约化、规模化、标准化、科技水平更高的饲养方式快速地逐步取代小规模个体散养方式，至今通过禁养区设立，关停拆迁、规模化示范场建立，2015 年规模化已占近 42%。迫于食品安全要求，自繁自养生产体系将逐渐占优势。合理的区域化养殖布局大大减少了单位面积中的饲养密度，无序经营得到控制。环境保护、污染治理、生态绿色健康养殖、资源合理利用，使养殖环境大大改善。
五、转型改变对疫病防控的影响
生物安全水平得到极大提升，这是疾病防控的基础，主要体现在区域合理布局，准入门槛提高，单位面积内养殖密度减少，自然隔离明显改善。企业间相互影响少，疫病传播机率降低规模化企业科技含量高，管理水平高，建立高水平生物安全生产体系并得以很好执行。养殖环境改善，疾病发生风险降低。
六、疾病防控的新局面
总体疾病的发生率将明显降低，疫病流行将以空气传播疫病为主，散发和地方性流行为主，大面积流行将较易控制。新建大规模企业由于领导人认知不足，管理水平低和人员缺乏的局面一时难以改善，由饲善管理、环境控制导致的健康和疾病问题，几乎每个转型企业都有一个2～3年的调整时期，重要疫病得到控制情况下，一些过去影响较小的致呼吸道疾病的病原将被更加重视。由于饲料不良造成的消化道健康问题很难有明显好转，霉菌和霉菌毒素问题呈防控常态，寄生虫感染会减轻。疫苗和药物的使用种类和数量都将减少，消毒对防病的作用会得到更大重视。种畜禽场的重要疫病净化指标有了达到要求的可能，将有效地降低此类疫病的发生和流行。依赖外部供种程度高的局面短时难以改变，外来病的引入风险依旧。
食品安全问题会逐渐改善，为了人类健康，控制人畜共患病原感染和污染将成为养殖企业重要的疾病防控工作。随着环境污染的治理，环境污染导致的病原变异诱发的新发病将减少。我国的畜禽疾病防控形势将会好转，生产率会明显上升，死淘率下降，料肉比下降，将逐步赶上国际先进水平。
七、面对新局面的疾病防控新挑战
1. 国家和政府的工作。法规、政策、财政上全方位支持饲养方式转变，大力推动区域合理布局，推动绿色、标准化、规模化养殖业发展。
加强国家防检诊体系的完善，合理整合科研、教育、生物制品和兽药企业、规模化养殖集团相应机构的工作，做好疾病发生和疫病流行的动态追踪 ；畜禽健康生产的技术指导和服务工作 ；提升疾病防控的应急能力。加强对外来病的信息情报工作，尤其是对周边国家和被引种国家外来病的信息，要及时建立对外来病的诊断方法并应用于检疫中。加速开展诊断方法的研发，优质诊断试剂的供应。重新审核药品、生物制品的评价标准，尽快适应畜禽生产对产品的实际需求。放宽（新疫病或病原变异造成的新流行时）对急需生物制品的应急审核（绿色通道）。尽快尽早减少因新疫病流行造成的损失。改善疫情申报工作中的现存问题，使疫情及时上畅通无阻。更加广泛听取和采纳广大群众对涉及疾病的重大政策、防控规划、技术规程、管理条例、办法等的评议和意见，防止出现因闭门造车、不切实际而难以执行的结果。探索建立更加适合的食品安全追溯体系，重点健全相关生产记录档案，加强对各生产环节产品的检测监督，保障食品安全。树立企业良知，加大企业自主权，减少不必要的强制管理。鼓励和支持各种相应行业协会的自我管理。切实做好服务工作。
2. 畜禽养殖企业的工作。需要特别加强的工作包括，健全生产中的生物安全体系，这是规模化企业疾病防控的关键。树立企业责任和社会良知，倡导企业精神和文化。探索良好地食品安全的生产构架及管理模式。抓紧关键生产环节的自我检查和严格控制，创立企业品牌。建立行业协会，树立品牌意识，适应市场经济，加强与政府管理部门的沟通和联系，促进企业发展。建立和完善技术保障体系（动保中心、质检部门），为生产提供科学支撑。对健康生产和食品安全极为重要。对生产问题尤其是某些病态表现要全面分析，坚决克服只从疫病进行追寻的片面思维。随养殖方式改变和区域布局合理调整后，饲养管理不良造成的生产问题会更突出。
八、兽药的新挑战
面对小个体的直接推销方式将很快萎缩，大企业直接对加盟或签约客户的管理将大大加强，药品经营受大企业管理条例和产品质量要求影响大增，药企的兼并整合不可避免。抗生素类药品种类减少，销售受限。抗应激药物、益生类药物有一定市场，中草药的状况和人用药一样，要加强有效成分的研究和开发。在取代抗生素、饲料添加和功能调节方面有发展余地。消毒药是重要方向，是畜禽养殖的必备药物。驱虫药、杀虫药是必要的。
九、生物制品的新挑战
大规模的兼并不避免，疫苗需求（种类和数量）将减少。竞争主要是适合生产需求产品的及时研发和高质量产品的供应。销售将主要面对大企业，个体销售将萎缩。大企业的生产理念和对其客户群的管理模式对销售影响很大。养殖企业对供应者的技术服务要求更高，生物制品企业的服务体系建设和服务能力必须提升。
十、饲料行业的新挑战
兼并和调整随规模化养殖自我生产饲料能力的提升而不可避免。饲料随禁用添加剂的规范将做出配方调整。添加剂研发工作是成功的关键。霉菌和霉菌毒素的控制是一个难题。原材料选择、脱霉剂研发和应用成为饲料质量的关键。饲料企业和养殖企业的合作或许成为一种好的方式。
